En værdipapirhandel består af udveksling af penge og værdipapirer mellem køber og sælger. Børsnoterede værdipapirer og visse andre værdipapirer afvikles i systemet ES-CPH-afviklingen. Nationalbanken er afviklingsbank for pengesiden af handlerne og udvekslingen af værdipapirer registreres i værdipapircentralen Euronext Securities.  

I visse handler anvendes en central modpart (CCP) som mellemled for at garantere handlen for begge parter. Alle large cap aktier på Nasdaq OMX København anvender den hollandske centrale modpart EuroCCP.

I europæisk regi samarbejder Nationalbanken med centralbanker og værdipapircentraler i Europa om at etablere et fælleseuropæisk værdipapirafviklingssystem. Systemet kaldes Target2-securities, og det bliver muligt at foretage handler i danske kroner fra 2018.